Начало организации Ставропольского государственного аграрного университета относится 
к 1930 году, когда на базе факультета овцеводства Московского зоотехнического института был создан Московский институт овцеводства. В Москве институт работал два года и в 1932 году в полном составе (преподаватели и студенты) переведен на Северный Кавказ в целях территориального приближения к основной производственной базе тонкорунному овцеводству. Директором института с 1930 по 1934 гг. был В.В.Виктор.
В 1933 году по решению СНК СССР к нашему вузу присоединяются Краснодарский институт овцеводства и отделение мясо-молочного скотоводства Таганрогского института и он получает название Северо-Кавказского зоотехнического института. Директорами института были Я.Я.Вирс (1934—1937 гг.), А.И.Михалин (1937—1938 гг.).
К началу 1939-40 учебного года по решению Наркомата совхозов СССР был открыт ветеринарный факультет, в 1941 агрономический.
С началом Отечественной войны преподаватели, сотрудники, студенты института добровольцами уходят на фронт. Главный учебный корпус был отдан под госпиталь, а оставшийся коллектив института в полном составе мобилизован на оборонительные работы в г.Ставрополе.
Учебный процесс был восстановлен с января 1943 года. По решению Всесоюзного комитета по делам высшей школы при СНК СССР от 1944 г. наш вуз стал называться Ставропольским сельскохозяйственным институтом.
В 1947 г. при институте начинают работать постоянно действующие курсы по переподготовке специалистов сельского хозяйства и повышения квалификации директоров совхозов.
С 1948 г. открывается заочное отделение по зоотехническому и агрономическому профилям.
В 1950 году открылся факультет механизации сельского хозяйства, институт переводится из третьей во вторую категорию учебных заведений страны с предоставлением ему права присуждения ученых степеней кандидата сельскохозяйственных, ветеринарных и биологических наук.
Связь науки с производством стала проявляться в создании на Ставрополье и впервые в стране (1951 год) ученических производственных бригад. Вуз активно включился в этот процесс, оказывая ребятам всестороннюю помощь в закладке полевых опытов. Ректором института в период с 1955 по 1961 гг. был И.П.Салмин.
В 60-е гг. под руководством ректоров А.И.Жукова (1961—1968гг), В.И.Лисунова (1968—1984 гг.) намечены новые ориентиры в развитии вуза: внедряется программированное обучение с применением комплекса технических средств обучения, вычислительных машин, строительство учебно-лабораторных корпусов факультетов механизации и ветеринарной медицины, общежитий, спортивного комплекса и т.д.
В это время открываются новые факультеты: 1961 год — экономики и организации сельского хозяйства; 1964 год — защиты растений; 1966 год — факультет повышения квалификации руководящих кадров колхозов, совхозов и специалистов сельского хозяйства. В 1963 году открывается прием докторских диссертаций. По результатам работы коллектива в 1964 г. Ставропольский сельскохозяйственный институт удостоен чести представлять вузы на ВДНХ СССР в павильоне «Образование СССР».
В 1970 году создано подготовительное отделение, прием на которое осуществляется по направлениям сельскохозяйственных предприятий, передовиков сельскохозяйственного производства, активных общественников. В 1974 г. открывается факультет электрификации сельского хозяйства.
Заслуги коллектива института были высоко оценены Правительством СССР: в 1976 г. за заслуги в подготовке высококвалифицированных специалистов сельского хозяйства, разработке и внедрению научных достижений в сельскохозяйственное производство ему вручен орден Трудового Красного Знамени, а в 1980 г. — Почетная грамота Президиума Верховного Совета РСФСР. В 80-е годы трудовые, научные, учебно-методические, воспитательные традиции вуза были продолжены профессорско-преподавательским и студенческим коллективами под руководством заслуженного деятеля науки РСФСР, доктора ветеринарных наук, профессора В.Я. Никитина (возглавлял вуз в 1984—1999 гг.).
Научный и учебно-методический рост вуза проявился в изменении его статуса: в 1994 г. Государственный Комитет по высшему образованию принял решение о преобразовании его в Ставропольскую государственную сельскохозяйственную академию. В 1998 г. открывается учетно-финансовый факультет В 2003 г. в связи со значительным расширением он реорганизуется в факультет бухгалтерского учета и аудита и ф